以江蘇省社會(huì)科學(xué)院的學(xué)術(shù)力量為基礎(chǔ)，研究院現(xiàn)設(shè)有大運(yùn)河歷史研究、文化研究、區(qū)域研究等3個(gè)研究中心。同時(shí)，秉持“開(kāi)門辦院、開(kāi)放辦院”的方針，研究院統(tǒng)籌整合全省大運(yùn)河文化研究資源和力量，在大運(yùn)河江蘇段沿線城市先后設(shè)立了徐州、蘇州、淮安、揚(yáng)州、常州、無(wú)錫、鎮(zhèn)江等7家設(shè)區(qū)市分院，并與南京農(nóng)業(yè)大學(xué)合作創(chuàng)辦首家主題式分院——大運(yùn)河農(nóng)業(yè)文明分院。

研究院專家參與了國(guó)內(nèi)首部關(guān)于大運(yùn)河文化帶建設(shè)的地方性法規(guī)《江蘇省人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)關(guān)于促進(jìn)大運(yùn)河文化帶建設(shè)的決定》的調(diào)研和起草，以及多項(xiàng)省級(jí)規(guī)劃文件的編寫，并面向社會(huì)大眾，推出了《中國(guó)大運(yùn)河遺產(chǎn)》《運(yùn)河兩岸有人家》等普及讀物。

研究院編輯出版《大運(yùn)河文化研究》專刊和《大運(yùn)河智庫(kù)》專報(bào)，并在多個(gè)期刊平臺(tái)開(kāi)設(shè)運(yùn)河研究專欄。