以江蘇省社會科學院的學術力量為基礎，研究院現設有大運河歷史研究、文化研究、區域研究等3個研究中心。同時，秉持“開門辦院、開放辦院”的方針，研究院統籌整合全省大運河文化研究資源和力量，在大運河江蘇段沿線城市先后設立了徐州、蘇州、淮安、揚州、常州、無錫、鎮江等7家設區市分院，并與南京農業大學合作創辦首家主題式分院——大運河農業文明分院。

研究院專家參與了國內首部關于大運河文化帶建設的地方性法規《江蘇省人民代表大會常務委員會關于促進大運河文化帶建設的決定》的調研和起草，以及多項省級規劃文件的編寫，并面向社會大眾，推出了《中國大運河遺產》《運河兩岸有人家》等普及讀物。

研究院編輯出版《大運河文化研究》專刊和《大運河智庫》專報，并在多個期刊平臺開設運河研究專欄。